Ein offensichtliches Problem bei ketogenen Diäten ist der Nährstoffmangel, da bei Menschen, die sich streng ketogen ernähren, eine unzureichende Aufnahme von 17 Vitaminen, Mineralien und Mikronährstoffen nachgewiesen wurde.
Keto-Diäten sind in der Regel so nährstoffarm, dass man schätzungsweise mehr als 37.000 Kalorien pro Tag zu sich nehmen müsste, um alle essenziellen Vitamine und Mineralstoffe in ausreichender Menge zu sich zu nehmen. Im Gegensatz dazu schrieb der Chefredakteur des Journal of the American Dietetic Association: "Was könnte nährstoffreicher sein als eine vegetarische Ernährung?"
Bei Keto-Diäten sind einige Menschen an Skorbut erkrankt oder sogar an Selenmangel gestorben, der zum plötzlichen Herztod führen kann.
Präbiotika, die Dutzenden von Ballaststoffen und resistenten Stärken, die in Bohnen und Vollkornprodukten enthalten sind, können bei einer Keto-Diät fehlen, so dass Verstopfungen nicht überraschend sind. Ausserdem hat sich gezeigt, dass Keto-Diäten den Artenreichtum und die Vielfalt der Darmmikrobiota verringern.
Ein Mangel an Ballaststoffen lässt unsere guten Darmbakterien verhungern. Etwa 7 Prozent der gesättigten Fette in einer fettreichen Mahlzeit können in unseren Dickdarm gelangen, was unser Darmmikrobiom möglicherweise nachteilig verändert und zu Gewichtszunahme, einem undichten Darm und entzündungsfördernden Veränderungen führt.
Menschen, die sich kohlenhydratarm ernähren, leben im Durchschnitt deutlich kürzer.
Im Hinblick auf Herzkrankheiten ist die Fettquelle von Bedeutung. Eine eher tierliche, kohlenhydratarme Ernährung wurde mit einer höheren Sterblichkeitsrate bei Herz-Kreislauf-Erkrankungen in Verbindung gebracht, während bei einer kohlenhydratarmen Ernährung auf pflanzlicher Basis kein solcher Zusammenhang festgestellt wurde.
Das Körpergewicht steht in direktem Zusammenhang mit der körpereigenen Cholesterinproduktion, und jedes Pfund Gewichtsverlust geht mit einer Senkung des Cholesterinspiegels um etwa einen Punkt einher.
Die positive Wirkung auf das LDL-Cholesterin wird bei einer sehr kohlenhydratarmen ketogenen Diät abgeschwächt oder sogar völlig neutralisiert.
Die Funktion der Arterien wird innerhalb von drei Stunden nach dem Verzehr einer Mahlzeit mit hohem Anteil an gesättigten Fettsäuren erheblich beeinträchtigt und verschlechtert sich bei einer Keto-Diät, anstatt sich zu verbessern - selbst bei einem Gewichtsverlust von einem Dutzend Pfund - und dies scheint bei kohlenhydratarmen Diäten im Allgemeinen der Fall zu sein.